某工程项目施工过程中，由于恶劣的天气原因，工程师发出了暂停施工的指示。该指示

根据《标准施工招标文件》中"通用合同条款"的规定，监理人发出暂停施工指示后56天内未向承包人发出复工通知，除了该项停工属于承包人违约的情况外，承包人可向监理人提交书面通知，要求监理人在收到书面通知后28天内准许已暂停施工的工程或其中一部分工程继续施工。如监理人逾期不予批准，则承包人可以通知监理人，将工程受影响的部分视为按变更规定的可取消工作。因此，选项D正确。