经过努力，甲、乙、丙、丁等4位品学兼优的中学生考上了北京大学、清华大学、南京

本题为排列组合题型。本题根据题干已知信息难以推理，故采用假设法。根据“甲、丙与乙、丁分别奔赴两座不同的城市”，假设甲、丙分别去了清华大学和北京大学，则乙、丁分别去了南京大学和东南大学。由（1）知，甲去清华，丙去北大；由（4）知，丁去东南大学，乙去南京大学，与题干已知信息不矛盾。假设甲、丙分别去了南京大学和东南大学，乙、丁分别去了清华大学和北京大学；由（3）知，丙去了东南大学，甲去了南京大学；由（2）知，乙去了北京大学，丁去了清华大学，也与题干信息没有矛盾。因此这两种情况都可能存在。若是第一种情况，则A项错误；若是第二种情况，则B、C项错误。两种情况下丁都没有上北京大学，D项正确。故正确答案为D。